| 施設No. | 施設名 | 取得年 | 更新年 |
|---|---|---|---|
| 1279 | 長崎大学病院 | 1981 | 2026 |
| 1280 | 独立行政法人国立病院機構 長崎医療センター | 1981 | 2026 |
| 6107 | 地方独立行政法人長崎市立病院機構長崎みなとメディカルセンター | 1986 | 2025 |
| 8104 | 日本赤十字社 長崎原爆病院 | 1988 | 2024 |
| 12021 | 地方独立行政法人 佐世保市総合医療センター | 1992 | 2025 |
| 16031 | 佐世保中央病院 | 1996 | 2026 |
| 18028 | 社会医療法人春回会 井上病院 | 1998 | 2025 |
| 20070096 | 宗教法人聖フランシスコ病院会聖フランシスコ病院 | 2007 | 2025 |
| 20120038 | 独立行政法人地域医療機能推進機構 諫早総合病院 | 2012 | 2024 |
| 20150061 | 公益社団法人地域医療振興協会 市立大村市民病院 | 2015 | 2024 |
| 20180059 | （連携）済生会長崎病院 | 2018 | 2024 |
| 20190080 | （連携）長崎労災病院 | 2019 | 2025 |
| 20200110 | （連携）長崎原爆諫早病院 | 2020 | 2026 |
| 20200111 | （連携）国家公務員共済組合連合会 佐世保共済病院 | 2020 | 2026 |
| 20210089 | （連携）十善会病院 | 2021 | 2024 |
| 20210090 | （連携）長崎県五島中央病院 | 2021 | 2024 |
| 20220088 | （連携）公立小浜温泉病院 | 2022 | 2025 |
| 20220089 | （連携）長崎北徳洲会病院 | 2022 | 2025 |
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